荷兰高等教育分为大学和高等职业教育。荷兰现有13所重点大学，其中6所综合性大学，3所理工大学，4所专业类大学，在校生24万人。这13所公立研究型大学全部进入2018年《泰晤士高等教育》世界著名大学前200名，其中7所跻身前100名，仅次于美国、英国和德国。著名高等院校有莱顿大学、乌特勒支大学、阿姆斯特丹大学、阿姆斯特丹自由大学、格罗宁根大学、鹿特丹伊拉斯谟大学、代尔夫特理工大学和瓦格宁根农业大学等。

代尔夫特理工大学原属1842年建立的“皇家学院”的一个理工分院，1905年正式取得大学地位，世界顶尖理工大学之一。荷兰历史最悠久、规模最大、专业涉及范围最广的理工大学，其专业几乎涵盖了所有的工程科学领域，尤其航空工程、电子工程、水利工程等学科在全球具有领先地位和卓越声望。其高质量的教学、科研水平在荷兰国内和国际上都具有极高的知名度，被誉为“欧洲的麻省理工”。与英国帝国理工学院、瑞士苏黎世联邦工学院、德国亚琛理工大学构成IDEA联盟。现有学生约1.7万人，外国留学生约1300名，教职员4640人。

瓦格宁根大学始建于1876年（时为荷兰国家农业大学），是一所研究生命科学的著名高等学府，最近几十年发展为一个国际性的科研机构，致力于向全世界提供充足和优质的粮食作物。在农业实践教育方面首屈一指，是荷兰农业方向教育与科研实力最强的大学，也是欧洲农业与生命科学领域最好的研究型大学之一，在农业学科方面的研究机构中排名世界第二，在环境科学与生态学方面的研究机构中排名世界第一。现有学生1万名，外国留学生约500人，教职员6500余人。